Деян Ловрен родился 5 июля 1989 года в Зенице, раннее детство провел в боснийской Кралева-Сутьеске. После начала Боснийской войны его семья переехала в Германию.
Он начал заниматься футболом в немецком Зендлинге, после переезда в Хорватию — в «Иловаце» и «Карловаце». В 2004 году Ловрен присоединился к системе загребского «Динамо», с которым затем подписал первый профессиональный контракт.
10 мая 2006-го Деян дебютировал в загребском «Динамо» (вышел на замену вместо Луки Модрича), а через два месяца присоединился на правах аренды к «Интеру» из Запрешича. В первом сезоне помог команде выйти с первого места в высший дивизион чемпионата Хорватии. Во втором сезоне Ловрена «Интер» боролся за выживание, сумев спастись в переходных матчах.